支給する通勤手当10万円−非課税限度額20,900円=79,100円について、源泉徴収する必要があります。
従業員と同様、役員に関しても、支給される通勤手当の額がその役員の通勤距離に応じて所得税法施行令第20条の2に規定されている非課税の範囲内であれば、源泉徴収する必要はありません。
しかし、ご相談の場合、支給する通勤手当10万円は、片道40キロの自動車通勤の場合の非課税範囲である20,900円(公共交通機関を利用した場合の金額が16,000円ですので20,900円となります。)を超えていますので、その超える部分について源泉徴収する必要があります。
なお、ご相談の場合、支給対象者が役員となっていますので、過大役員報酬に該当しないかどうかの確認が必要となります。(過大となる場合には、法人税の課税対象となりますので注意が必要です。)