当社へ自動車で通勤する役員がいます。

役員なので、役員報酬を支払いますが、役員報酬以外に通勤手当の支給したいのですが、この通勤手当は役員報酬として源泉徴収しなければならないのでしょうか？

非課税の範囲内であれば、源泉徴収する必要はありません。

　 従業員と同様、役員に関しても、支給される通勤手当の額がその役員の通勤距離に応じて所得税法施行令第20条の２に規定されている非課税の範囲内であれば、源泉徴収する必要はありません。