手当てを別に支給するのは面倒なので、従業員の給与体系を年俸制とし、全ての手当てもその給与に含まれるものとすることにしました。

通勤手当も他の手当てと同様となるのですが、源泉徴収税額の計算をするときには、従業員ごと個々の通勤実態に応じて非課税限度額相当額を控除して計算すればいいでしょうか？

控除することなく、年報支給額全額に対して給与として源泉徴収税額の計算をしなければなりません。

　 所得税法9条（非課税所得）1項5号には、「通勤者がその通勤に必要な交通機関の利用又は交通用具の使用のために支出する費用に充てるものとして通常の給与に加算して受ける通勤手当のうち、一般の通勤者につき通常必要であると認められる部分」と規定されています。
　 つまり、通常の給与とは別に受ける通勤手当である必要があります。ご相談の場合、通常の給与のうちに手当て相当額が含まれていますので、これは、非課税所得には該当せず、全額給与として源泉徴収税額の計算をしなければなりません。