従業員の源泉所得税は、あくまでその従業員が所得税の前払いとして負担するものです。年末調整では、その前払い分の清算を行うことになります。その際還付となった場合は、従業員に還付額を支払うことになりますが、その支払うお金は、給与の支払者が源泉徴収して預かった所得税から還付するか、又は、預かった所得税がない場合等は、税務署に対して納めすぎた所得税を還付してもらうように請求することになります。従って、当社が負担するものではありません。
実務的には、給与の支払者が年末調整をした月分として納付する源泉徴収税額から控除する形となります。このため、その月の従業員全員の源泉徴収税額の合計が還付金より多い場合は、そこで控除されますので、還付手続をするケースが少ないと思われます。
（所法191、所令312、313、所基通191-2）
