入院給付金が保険会社から入金されてきたのですが、実際に支払った医療費を超えた金額となっています。
この超過分の入院給付金は、他の医療費控除の対象となる医療費から差し引かなければならないのですか？

差し引く必要はありません。

　所得税法によると、医療費控除を支払った場合の医療費の金額のうち、保険金、損害賠償金その他これらに類するものにより補填される部分の金額を除くことが定められています。
この除かれる金額は、差し引く医療費ごとに個別計算となりますので、他の医療費に影響させないことになっています。

つまり、今回の場合、超過分の入院給付金は他の医療費控除の対象となる医療費から控除する必要はありません。