差し引く必要はありません。
所得税法によると、医療費控除を支払った場合の医療費の金額のうち、保険金、損害賠償金その他これらに類するものにより補填される部分の金額を除くことが定められています。
また、補填されない部分の金額として次のものが規定により定められています。
今回の場合は2.に該当しますので、差し引く必要がありません。
- 死亡したこと、重度障害の状態となったこと、療養のため労務にふすることができなくなったことなどに基因して支払を受ける保険金、損害賠償金等
- 社会保険又は共済に関する法律の規定により支給を受ける給付金のうち健康保険法の規定により支給を受ける傷病手当金又は出産手当金その他これらに類するもの
- 使用者その他の者から支払を受ける見舞金等
(法令の規定に基づかない任意の互助組織から医療費の補填を目的として支払を受ける給付金を除く)