所得税法上、非課税の取扱いができる通勤手当とは、「給与所得を有する者で通勤するもの（以下「通勤者」という。）がその通勤に必要な交通機関の利用又は交通用具の使用のために支出する費用に充てるものとして通常の給与に加算して受ける通勤手当（これに類するものを含む。）のうち、一般の通勤者につき通常必要であると認められる部分として政令で定めるもの」と定められています（所法9(1)五）。
このような非課税となる通勤手当があるのならば、各月の給与又は年末調整において、当該給与を支給する事業者側が処理をするものであり、従業員自らが確定申告するものではありません。
したがって、このようなケースであれば、確定申告をすることで非課税扱いにすることはできません。
