大きなものでは、老年者控除の廃止です。これに伴い、公的年金等控除の改正が行われています。また、青色申告特別控除の改正も行われていますし、住宅借入金等特別控除の適用金額や率も改正されています。
老年者控除は、満65歳以上の方で年間の所得が1,000万円以下であれば、50万円の控除が受けられましたが廃止されたのです。
公的年金等控除の上乗せ分70万円が廃止されましたが、最低控除額について50万円加算される特別措置が設けられました（平成16年所法等改正法附則2）。
青色申告特別控除は、簡易帳簿作成による45万円の控除が廃止されました。なお、正規の簿記の原則により記帳する55万円の控除は65万円に引き上げられました（平成16年所法等改正法附則26、63）。
住宅借入金等特別控除は、適用上限金額が5,000万円から4,000万円に下げられ、率も全期間１％ではなく、9・10年目については0.5％に引き下げられています。
